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在原发性肝癌的普查中，AFP是最常用的方法，有助于发现早期肝癌，使病人获得早期治疗，改善预后。
但甲胎蛋白升高不一定都是肝癌。由于甲胎蛋白是肝细胞发育时的一种特殊蛋白，因此在急、慢性肝炎和肝硬变时，伴随肝脏的修复和肝细胞的再生，也可产生和分泌AFP，血清中AFP也会升高，但通常仅为轻度升高(小于350ng/ml)。这种AFP升高不一定是坏事。
如果慢性肝炎和肝硬化患者的AFP长期处于高水平，居高不下，甚至进行性升高，则应警惕原发性肝癌的发生。
除了肝病以外，患生殖系统胚胎性肿瘤如睾丸癌、卵巢畸胎瘤、消化道肿瘤、胰腺癌伴肝脏转移者，亦常出现AFP升高。在急性大量失血后，偶尔也可见到AFP升高。
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